Berichte über Vergiftungen von Vieh, Wild und Wasservögeln durch Algenmassenentwicklungen reichen bis in das vorige Jahrhundert zurück, die Zunahme entsprechender Vorfälle in den letzten drei Jahrzehnten ist auf die verstärkte Eutrophierung der Stillgewässer zurückzuführen. Auch erhebliche Gesundheitsbeeinträchtigungen bei Menschen durch die Wasseraufnahme während des Badens sind mittlerweile dokumentiert.
Anders als im marinen Bereich, wo sich Vergiftungsgefahren hauptsächlich durch den Verzehr von Muscheln ergeben, in denen das von Flagelaten gebildete Toxin angereichert wird, bilden im Süßwasser primär die Toxinanreicherung in den Überzügen und Anspülungen "aufrahmender" Blaualgen Gefahrenherde für Menschen und Tiere. Microcystin stellt das häufigste Cyanotoxin dar, es blockiert die Proteinphosphatasen 1 und 2a durch eine kovalente, irreversible Bindung. Die Microcystine wirken vor allem auf Leberzellen und in zweiter Linie auf Darmepithelien sowie Nierenzellen. Neurotoxine verursachen bei einer letalen Dosis einen meist raschen Erstickungstod. Die Wirkung des Cylindrospermopsins erweist sich als besonders gefährlich, da die Proteinsynthesehemmung erst allmählich Symptome zeigt.
Ursächlich für ein starkes Aufkommen von Algen und Blaualgen ist immer eine hohe Verfügbarkeit bzw. die ständige Nachlieferung von Nährstoffen etwa durch die dauerhafte Anbindung an Oberflächenzuflüsse in Verbindung mit warmen Witterungsphasen bei Temperaturen über 25 °C. Eine Blaualgendominanz kann sich insbesondere dann entwickeln, wenn weitere Faktoren wirksam werden. So kann die Entwicklung von Blaualgen durch geringe Nitratgehalte im Wasser gefördert werden, da sie im Unterschied zu Algen auch Stickstoff aus der Atmosphäre assimilieren und so einen Wachstumsvorteil erringen. Die durch leichte Wasserstandsschwankungen verursachte Instabilität des Lebensraumes bewirkt mitunter ebenfalls einen Konkurrenzvorteil für Blaualgen, da sie über eine Gasvakuole verfügen, die ihnen durch Anpassen des Auftriebsvermögens ein Schweben in der für sie jeweils optimalen Wasserschicht ermöglicht.
Im Vorfeld von Maßnahmen zur Verringerung des Blaualgenaufkommens muss immer ein vielfältiges Ursachengefüge untersucht werden, damit die im jeweiligen Einzelfall angemessenen Vorgehensweisen ermittelt und nachhaltige Erfolge erzielt werden können.
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